Berdasarkan Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 8 Tahun 2008 tentang Pembentukan Susunan Kedudukan dan Tugas Pokok Sekretariat Daerah dan Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah, Bagian Pengendalian Pembangunan dipimpin oleh Kepala Bagian yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Asisten Perekonomian dan Pembangunan. Sedangkan Asisten Perekonomian dan Pembangunan berada di bawah Sekretaris Daerah dan bertanggung jawab kepada Sekretaris Daerah.